pam序列在哪

　　CRISPR/Cas 是进行基因编辑的强大工具，可以对基因进行定点的精确编辑。在向导 RNA（guide RNA， gRNA）和 Cas9 蛋白的参与下，待编辑的细胞基因组 DNA 将被看作病毒或外源 DNA，被精确剪切。

　　一、寻找目的基因的靶标

　　使用在线设计网站 CRISPR direct，如需直接复制网址，可在生物学霸后台对话框回复 direct即可。

　　靶点挑选要点：

　　基因敲除靶点应设计在起始密码子附近（包括起始密码子）或者起始密码子下游的外显子范围内。

　　不同 Cas9/gRNA 靶点在基因敲除效率上有较大差异，因此同时设计构建 2～3 个靶点的基因敲除载体再从中选出敲减效果较佳的靶点。

　　N1-N20 NGG 靠近 PAM 的碱基对靶点的特异性很重要，前 7～12 个碱基的错配对 Cas9 切割效率影响较小。设计好的靶点序列应在基因库中进行 BLAST 检测。

　　Cas9Nicknase 需要挑选成对的靶点。一般在正义链和反义链上分别挑选相距 20～30bp 的靶点配对。多对靶点的敲除效率常有较大差异。由于基因敲除实验时间长，在正式对目的细胞进行敲除前对靶点进行验证和挑选非常必要。

　　二、 插入片段设计

　　插入寡核苷酸序列设计（必须 PAGE 纯化寡核苷酸）：

　　正向序列

　　5’ACACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTT3’

　　反向序列

　　3’TGTGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAATCTCGATCTTTATCGTTCAATTTTATTCCGATCAGGCAA5’

　　插入片段的合成

　　用水将寡核苷酸稀释为 100 μM。按以下体系配制退火反应体系：

　　正义寡核苷酸（100 μM）5μl

　　反义寡核苷酸（100 μM）5μl

　　NaCl 100 mM（终浓度）

　　Tris‐Cl pH7.4 50 mM（终浓度）

　　加水补足 50 μl

　　将配制好的退火反应缓冲液重复混合，短暂离心后放置 PCR 仪上，运行以下程序： 90℃ 4 min， 70℃ 10 min， 55℃ 10 min， 40℃ 10 min， 25℃ 10 min。退火后的寡核苷酸可以立刻使用或者在 ‐20℃ 长期保存。

　　三、 pCas9/gRNA 基因敲除载体的构建

　　用 EcoRV 酶切 2 μg pCas9/gRNA 载体（inovogen）。通常情况下用大约 20～30 单位的酶大约 3 小时可以酶切完全。酶切后我们建议用琼脂糖凝胶回收线性化载体。将回收后的线性化载体定量，通常线性化载体的工作浓度为 50～100ng/μl。连接用水将退火后双链寡核苷酸 (10 μM) 稀释 100 倍备用。

　　连接反应体系：

　　T4 DNA 连接酶 5U

　　EcoRV 5U

　　线性化载体 2 μl

　　稀释 100 倍后双链寡核苷酸 1 μl

　　10× 连接酶 Buffer 1 μl

　　50% PEG4000 1 μl

　　加水补足 10 μl

　　反应条件： 22℃ 30 min， 37℃ 15 min。

　　注：

　　平末端连接效率较低，在连接体系中添加 PEG4000 可以提高连接效率。

　　在连接体系中添加 EcoRV 酶可以显著提高阳性率。

　　四、 转化大肠杆菌感受态细胞及通过载体上的引物进行 PCR 鉴定阳性克隆

　　挑选阳性克隆进行测序验证, 验证正确后, 提取质粒进行转染试验, 关于 sgRNA 是否有效。可以转染之后，直接提取 DNA，通过测序验证，如果在靶标位点附近开始出现杂乱的多峰说明是 sgRNA 有效，如果没有则该 sgRNA 无效。

　　PAM序列是什么

　　CRISPR/Cas9系统的原理是利用gRNA特异性识别靶序列，并引导Cas9核酸内切酶对靶序列的PAM上游进行切割，从而造成靶位点DNA双链断裂，随之利用细胞的非同源末端连接（NHEJ）或同源重组（HDR）的方式对切割位点进行修复，实现DNA水平的敲除、敲入或点突变。

　　通过核转染法将gRNA、Cas9和Donor共转入细胞中，进行药筛，药筛完成后挑选单克隆培养。选择不同的克隆分别进行靶位点扩增及测序，筛选出敲入纯合的阳性克隆。敲入荧光报告基因的也可以通过观察荧光进行初步筛选。

　　pam 序列

　　序号代表先后顺序，是真

　　pam序列在哪条链上

　　CRISPR靶向特异性是由两部分决定的，一部分是RNA嵌合体和靶DNA之间的碱基配对，另一部分是Cas9蛋白复合体和一个短DNA序列，这个短的DNA序列通常在靶DNA的3’末端作用，被称为protospacer adjacent motif（PAM）。

　　即前间隔序列邻近基序。

　　pam识别序列

　　CRISPR靶向特异性是由两部分决定的，一部分是RNA嵌合体和靶DNA之间的碱基配对，另一部分是Cas9蛋白和一个短DNA序列，这个短的DNA序列通常在靶DNA的3’末端作用，被称为protospacer adjacent motif（PAM）。